| 洲別 | 國家 | 合作學校 | 合作單位 | 合作學制 | 本校可申請系所 | 可申請對方系所 |
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| 亞洲 | 日本 | 長崎大學 | Graduate School of Integrated Sciences and Technology | 博士 |
(僅限博士班)
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| 亞洲 | 馬來西亞 | 登嘉樓大學 (UMT) | Universiti Malaysia Terengganu | 博士 | 各學院博士班
需雙方教授同意共同指導（以養殖、環漁為主）
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全校博士班開放申請 重點領域：海洋科學、水產養殖、漁業 |
| 歐洲 | 法國 | 法國里爾大學 | Université de Lille | 碩士 | 海生所 | 依雙方指導教授討論決定 |
| 美洲 | 美國 | 紐約州立大學海運學院 | SUNY Maritime College Department of Global Business and Transportation |
碩士 | 航管系 | MS in Shipping and Logistics |
| 美洲 | 美國 | 辛辛那提大學 | College of Engineering and Applied Science (CEAS) | 碩士 | 工學院、電資學院 | 航太、AI、建築、生醫、化工、土木、CS、CE、EE、環境、機械、機器人等 |